Szymanowice, do 1915r. samodzielna wieś, a następnie włączona do Niskowej jako przysiółek, stanowiła w okresie staropolskim własność prepozytury w kolegiacie Narodzenia NMP w Wiślicy. Wskazuje to na bardzo starą metrykę osadniczą wsi, sięgającą najpóźniej pierwszej połowy XIII wieku.
Obydwie wioski: Niskowa, będąca od 1280r. własnością opactwa PP. Klarysek w Starym Sączu i Szymanowice należały do parafii św. Jakuba Apostoła w Podegrodziu przez cały okres staropolski. Mimo, że odległość wsi od Podegrodzia wynosiła przeszło 10 km, a do parafii kolegiackiej w Nowym Sączu było zaledwie 4 do 5 km, nikt w okresie staropolskim nie podjął inicjatywy zmiany granic rozległej parafii podegrodzkiej. Około 1770 r. obejmowała ona 39 wsi, które stanowiły mozaikę własnościową dóbr królewskich, kościelnych i szlacheckich. Zapisy metrykalne ochrzczonych i zaślubionych, a także zmarłych w podegrodzkich księgach sakramentalnych świadczą, że wierni obydwóch wiosek korzystali tu z tych istotnych form i dóbr duszpasterstwa parafialnego.
Poważne zmiany w tym zakresie zaplanowała józefińska regulacja parafii w diecezji tarnowskiej, zatwierdzona przez ces. Józefa II w dniu 30.03.1787r. Przewidywała ona utworzenie parafii w Biczycach dla 13 wsi o liczbie 1682 wiernych, wyłączonych z parafii podegrodzkiej i nowosądeckiej. Ale planów tych nie wykonano. Powróciły do nich władze austriackie w 1823r. na wniosek Biskupa Grzegorza I. Zieglera, ale i tym razem projektu tego nie wprowadzono w życie.
Ta najbardziej zaniedbana część parafii podegrodzkiej, gdzie pod koniec XIX wieku katechizację podjęli jezuici z Nowego Sącza, czekała na inicjatywę ks. Antoniego Antałkiewicza, proboszcza w Podegrodziu i biskupa tarnowskiego Leona Wałęgi. Pierwszy z nich w testamencie przeznaczył prawie cały swój majątek na budowę kościoła w Trzetrzewinie, a drugi w ramach wielkiej akcji budowy kościołów filialnych poparł poparł ostatnią wolę ks. Antałkiewicza.
W sierpniu 1910r. biskup Wałęga utworzył w Trzetrzewinie samodzielną ekspozyturę i zlecił ks. Romanowi Mazurowi budowę kościoła. Utworzona w Trzetrzewinie ekspozytura niebawem stała się ośrodkiem filialnym i obejmowała: Trzetrzewinę, Biczyce Górne (Polskie), Biczyce Dolne (Niemieckie) i Krasne. Szymanowice i Niskowa oparły się początkowo, nie wzięły udziału w budowie kościoła w Trzetrzewinie i należały nadal do parafii w Podegrodziu. Dopiero w 1913r. biskup Leon Wałęga z własnej inicjatywy przyłączył obydwie wsie do parafii w Trzetrzewinie, która to pełne prawa parafialne otrzymała w dniu 10.05.1925r. Nieco wcześniej (10.04.1924) biskup pomocniczy tarnowski dokonał konsekracji kościoła w Trzetrzewinie pod wezwaniem M.B. Pocieszenia. Odtąd odległość do kościoła parafialnego wynosiła z Niskowej i Szymanowic od 2,5 do 3 km „przez górę” lub 3 do 4 km wzdłuż szosy przez Biczyce.
W dniu 4 maja 1952r. po studiach w Instytucie Teologicznym w Tarnowie otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa Jana Stępy rodak z Szymanowic-Niskowej, ks. Bolesław Kumor (1925-2002). Przynajmniej od XVI wieku był to pierwszy kapłan ze wspomnianych wiosek. Już jako samodzielny pracownik naukowy na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, idąc za przykładem braci Księży Bochenków i ks. prof. dra Stanisława Łacha postanowił wybudować w rodzinnej wsi Szymanowice kaplicę publiczną, by zbliżyć swoim rodakom kościół i obecność eucharystycznego Boga. Po naradzie z ówczesnym ks. proboszczem Stanisławem Pieprznikiem, który zamiar pochwalił i przyrzekł całą duszą wspomagać, ks. Kumor uzyskał niebawem ustną zgodę Księdza Biskupa Ordynariusza Tarnowskiego Jerzego Ablewicza.
Prace budowlane przebiegały w niezwykle trudnych okolicznościach, ponieważ władze polityczne kilkakrotnie zawieszały budowę, rozliczały fundatora z dochodów finansowych i materiałów budowlanych. Z wielką pomocą prof. dra Adama Szczypiorskiego, przewodniczącego sekcji historycznej w Komitecie Nauk Demograficznych PAN w Warszawie, budowa została szczęśliwie zakończona. W dniu 31 maja 1974r. przybyły do Szymanowic siostry Zmartwychwstanki i zamieszkały w nowym domu, zameldowane na skutek oporu władz administracyjnych dopiero w październiku tegoż roku. W trzech pierwszych latach przy dużej aktywności pierwszej przełożonej S. Alfredy, urządzono Kaplicę pod wezwaniem Nawiedzenia NMP, jako że to w tym dniu Siostry Zmartwychwstanki przybyły do Szymanowic.
Do Kaplicy Nawiedzenia NMP uczęszczali wierni z Szymanowic, Niskowej, Biczyc Dolnych, szereg pobliskich rodzin z parafii św. Krzyża w Chełmcu i NMP Królowej Polski w Świniarsku. Liczba wiernych w parafii Trzetrzewina ustawicznie wzrastała. Według spisu podczas kolędy w 1988r. parafię zamieszkiwało 3018 wiernych.
Okazało się, że kaplica wraz z salą katechetyczną są za małe do pomieszczenia licznych wiernych. Dlatego, przy współpracy z ks. Pieprznikiem, ks. Kumor podjął plan rozbudowy kaplicy, który nie wszedł w życie, ponieważ pojawił się nowy plan – projekt budowy nowego kościoła. Projektowi udzielił błogosławieństwa w 1983r. ks. Bp Jerzy Ablewicz. Projekt budowy nowej świątyni opracował mgr inż. Arch. Jan Okowiński z Nowego Sącza. Działkę pod budowę ofiarował ks. Władysław Raczek, który odziedziczył ją po matce Rozalii Berdychowskiej, pochodzącej z Szymanowic.
W dniu 2 października 1985r. rozpoczęto wykopy ziemi pod fundamenty nowej świątyni, którą Fundator pragnął poświęcić św. Stanisławowi Kostce. W budowie wzięła udział darmowo cała parafia, a w szczególności mieszkańcy Niskowej, Szymanowic i Biczyc. Oprócz inżynierów, techników i robotników nad całością prac i potrzeb czuwał ks. Pieprznik oraz jego pomocnik – ks. Andrzej Ogrodnik. Kiedy mury kościoła sięgały górnych okien, uroczystego poświęcenia placu budowy dokonał ks. Bp Józef Gucwa w dniu 9 listopada 1986r.
Z dniem 1.09.1986r., kiedy proboszczem parafii Trzetrzewina został ks. Marian Stępień i to on przejął zadanie kontynuacji budowy świątyni. Już w czerwcu 1988r. kościół otrzymał żelazno-betonowe sklepienie. Cała budowa wzniesiona jest z cegły i obłożona kamieniem ciosanym. Całość konstrukcji obejmuje świątynię, 2 zakrystie i obszerną salę katechetyczną. Jest zdobiona pięknymi witrażami, zaprojektowanymi przez Józefa Furdynę i wykonanymi w pracowni Anny i Ireneusza Zarzyckich w Krakowie.
W dniu 10 czerwca 1987r. papież Jan Paweł II poświęcił w Tarnowie kamień węgielny dla kościoła w Szymanowicach-Niskowej.
Uroczystość jego wmurowania odbyła się 23 października 1988r., zgromadziła 40 księży z różnych dekanatów. Nie zabrakło na niej ks. Kumora, ks. Pieprznika, ks. Stanisława Lisowskiego, ks. Zenona Rogoziewicza oraz ks. Stanisława Czachora. Szymanowice, Niskowa i Biczyce przygotowywały się na ten dzień przez specjalne nabożeństwa oraz liczniejszy udział w sakramentach pojednania i Eucharystii. W zastępstwie za Arcybiskupa Ablewicza, do Niskowej przyjechał ks. Bp Piotr Bednarczyk, który w swoim kazaniu podkreślił znaczenie świątyni dla ludu Bożego i kultu religijnego, pogratulował dotychczasowych osiągnięć i zachęcił do dalszych ofiar i pracy. Odpowiedni dokument wystawiony imieniem Księdza Arcybiskupa Jerzego Ablewicza, odczytał rodak z Trzetrzewiny, ks. Stanisław Jojczyk. Przed błogosławieństwem biskupim przemówił ks. Bolesław Kumor, wyrażając radość z powstałego dzieła i z obecności ks. Bp Bednarczyka i innych kapłanów. Była to pierwsza Eucharystia sprawowana w murach nowej świątyni.
Budowa kościoła oficjalnie zakończyła się w 1992 roku. Uroczystej konsekracji dokonał 20 września tegoż roku ówczesny Biskup Tarnowski – Józef Życiński.
Od tej pory kościół w Niskowej był kościołem filialnym parafii w Trzetrzewinie. Księża z Trzetrzewiny regularnie sprawowali tam Msze Św. i udzielali sakramentów, często służył pomocą ks. Kumor, szczególnie umiłował sobie posługę w sakramencie pokuty.
5 maja 2002r. ks. prof. infułat Bolesław Kumor obchodził jubileusz 50-lecia kapłaństwa. Dwudniowe uroczystości z tej okazji odbyły się w rodzinnej parafii i w Bazylice Kolegiackiej św. Małgorzaty w Nowym Sączu, gdzie był kanonikiem kapituły.
Niedługo po obchodach jubileuszowych, 23 października 2002r. ks. Kumor zmarł. Jego grób, zgodnie z prośbą umieszczoną w testamencie, znajduje się na dziedzińcu kościoła w Niskowej. W klasztorze, który ufundował i zamieszkiwał w trakcie częstych pobytów w rodzinnych stronach, znajduje się izba pamięci jemu poświęcona. Ks. Kumor jest wzorem dla swoich rodaków, którzy darzą go ogromnym szacunkiem. Dowodem tego jest umieszczenie w Kościele w Niskowej tablicy upamiętniającej Fundatora, którą 27 lipca 2008r., podczas popołudniowej Mszy Św. poświęcił ks. prałat Stanisław Czachor, emerytowany proboszcz parafii św. Kazimierza w Nowym Sączu.
Z dniem 1 sierpnia 2008r. zaczął się nowy etap w życiu parafian uczęszczających do Kościoła w Niskowej. Biskup Tarnowski Wiktor Skworc erygował nową parafię (rektorat) pod wezwaniem Św. Stanisława Kostki, mianując jej proboszczem ks. Jerzego Janeczka. Do nowego rektoratu z parafii Trzetrzewina została przyłączona Niskowa, Biczyce Dolne (do zakrętu), a z parafii św. Heleny fragment Gaju i Chełmca ( ul. Graniczna i część ul. Łącznej). Ostateczny dekret erygujący parafię pod wezwaniem św. Stanisława Kostki w Niskowej został wydany i uroczyście odczytany w kościele w dniu 15.02.2009r. W kościele znajdują się relikwie patrona parafii. Uroczystości odpustowe odbywają się w niedzielę po 18 września (wspomnienie św. Stanisława Kostki).
Parafii brakuje Domu Parafialnego, w którym znalazłyby się m.in. mieszkania dla księży i sale katechetyczne. 13 maja 2011r. oficjalnie rozpoczęto budowę Domu.